El inicio de la Universidad Nacional del Canindeyú data del 16 de abril de 2010, con la sanción de la Ley Nº 3985 "Que crea la Universidad Nacional de Canindeyú", firmada por el entonces presidente Fernando Lugo Méndez. Posteriormente se crearon las distintas unidades académicas.

La Facultad de Ciencias y Tecnología fue creada por resolución Nº 04/2010 del Honorable Consejo Superior Universitario, de fecha 14 de octubre de 2010. Así también en esa resolución se habilitó la carrera de Análisis de Sistemas de Información, que posteriormente pasó a denominarse Análisis de Sistemas.